You are here: Home -  Jordan Spaccio di memoria ormai a spese del

Jordan Spaccio di memoria ormai a spese del

Jordan Spaccio

Veloce pattern matching è un requisito per molti problemi, specialmente per l'analisi bioinformatica di sequenza come le applicazioni di mapping breve lettura. Questo lavoro presenta una variante del metodo FM-index, denotato n-passo FM-index, che viene applicato in esatta corrispondenza genoma search.We proporre una struttura FM-index bidimensionale alternativo Jordan Spaccio che permette all'indietro navigazione ricerca dando fasi di n simboli alla volta. I principali vantaggi di questa soluzione sono la riduzione del lavoro computazionale, ma soprattutto, la riduzione da n della catena di dati è soggetto accessi, e l'aumento della frazione temporale del modello di accesso ai dati. Questo vantaggio va a scapito di aumentare la quantità totale dei dati richiesti per la index.We presentare un'analisi di una implementazione multi-core dell'algoritmo utilizzando grandi riferimenti (fino a 1.5G) in profondità prestazioni. Identifichiamo la latenza della memoria, come il principale limitatore di prestazioni per l'esecuzione single-thread e la larghezza di banda della memoria per l'esecuzione multi-thread. La nostra proposta prevede incrementi nella velocità che variano da 1,4 × a 2,4 ×, quando non vi è alcuna limitazione DRAM capacity.We anche analizzare il compromesso di compattare la struttura dati proposto al fine di ridurre i requisiti di capacità di memoria, ormai a spese del tempo di esecuzione crescente . Un ulteriore 33% di spazio DRAM permette la nostra proposta per migliorare Jordan Milano le prestazioni di 1,2 ×, mentre raddoppiando le dimensioni DRAM permette un ulteriore 1,5 × .La nostra proposta di algoritmo n-passo fornisce un'alternativa per gli algoritmi di accesso alla memoria pseudo-casuale per essere ridisegnato in scala in sistemi informatici attuali e futuri.
0 Commenti


Parlare la vostra mente